神秘船票是前往特殊岛屿肚脐岩的关键道具。获得神秘船票的主要途径是通过帮助正辉博士恢复人形后，他会赠送船票作为感谢。这一剧情发生在华蓝市右侧25号路的正辉家中，玩家需先完成月见山剧情并击败华蓝道馆馆主小霞。
具体流程为：从华蓝市右上角出发，经过有五名训练家把守的桥梁，击败桥边的火箭队成员后继续前进至25号路尽头。进入正辉家后会发现一只皮皮，与之对话得知这是正辉因实验失败变成的形态。操作房间内的电脑即可帮助他恢复原状，随后正辉会赠送圣安奴号的船票。这张船票允许玩家在枯叶市港口登船，开启后续海上冒险剧情。
需获得船票前必须完成华蓝市水系道馆挑战。道馆馆主小霞使用的宝可梦包括海星星和宝石海星，建议使用草系或电系宝可梦应对。战胜后获得水波动技能机和蓝色徽章，这是触发正辉剧情的必要条件。月见山内需击败抢夺化石的火箭队成员，并选择左侧化石盔或右侧菊石兽的化石之一。
该市位于6号路南端，通过地下通道可快速抵达。登船后需击败船舱内所有训练家，最终在船长室帮助晕船的船长获得秘传机01居合斩。神秘船票不仅用于主线推进，还能在船上获取稀有道具和经验值，建议充分探索每个房间。
部分改版游戏中可能存在船票获取方式的差异。在激进红等改版中，神秘船票可能通过完成世界锦标赛任务获得，但原版火红仅能通过正辉剧情取得。若遇到卡比兽挡路等障碍，需先取得宝可梦笛子唤醒它，这与船票获取无直接关联但影响后续地图探索进度。
