构建合理的阵容是通关和挑战道馆的关键。初始精灵的选择直接影响前期游戏体验，小火龙、妙蛙种子和杰尼龟各有优劣。小火龙虽然前期面对岩石和水系道馆较为吃力，但进化成喷火龙后拥有出色的速度和攻击力，搭配火焰喷射和龙爪等技能能应对多种战斗场景。妙蛙种子开局较为平稳，草系技能对前两个道馆有优势，但后期打击面较窄。杰尼龟防御能力突出，进化成水箭龟后能学习冲浪和冰系技能，适合中后期战斗。
中期阵容需要补充电系和飞行系精灵应对特定道馆。皮卡丘在无人电厂捕捉后，通过雷之石进化为雷丘，能有效克制水系和飞行系敌人。比雕由波波进化而来，飞行系技能和高速属性在对抗草系和格斗系时表现优异。尼多王或尼多后也是中期强力选择，地面和毒系组合能对抗电系和火系敌人，同时学习剪切、怪力等秘传技能辅助探索。
闪电鸟、火焰鸟和急冻鸟作为版本三神兽，分别位于无人电厂、火焰山和双子岛深处，等级均为50级且技能组合强大。快龙作为准神兽，在华兰洞窟捕获迷你龙后需耐心培养，最终形态能学习闪光、飞空等多项秘传技能，战斗中也具备龙系与飞行系的双重优势。卡比兽在沉睡状态需使用口袋笛唤醒，高HP和攻击力使其成为可靠的物理输出手。
技能搭配方面需注意属性互补和功能覆盖。喷火龙建议配置火焰喷射、龙爪、空气切割和地震，形成火+龙+飞行+地面的全面打击面。水箭龟可学习冲浪、冰冻光束、地震和火箭头槌，兼顾特攻与物攻。雷丘搭配十万伏特、信号光束、铁尾和光墙，既能输出也能辅助。队伍中至少保留一只能使用冲浪和飞空的精灵以提升地图探索效率。
